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quinta-feira, julho 09, 2020

Segmentação de imagem para modelos 3D de fósseis

O que é Segmentação de Imagem?
Segmentação de Imagem traduz imagens em duas dimensões (2D), obtidas a partir de tomografia computadorizada, em modelos digitais (3D). Isso possibilita o estudo e manipulação de objetos pelo computador. As segmentações são feitas pelos softwares 3D Slicer e Avizo.

Quais as vantagens da Segmentação de Imagem?
Analisar estruturas internas
A tomografia permite olhar além da superfície, de maneira não destrutiva ou invasiva.
Isso permite estudos nas áreas de ciências médicas (análise de órgãos internos, esqueleto, doenças), geologia (fósseis em sedimento, análise de estruturas internas de rochas e minerais), biologia (estudos anatômicos e morfológicos) e engenharia (visualização de componentes internos, categorização de materiais e estudos mecânicos).


Manipular objetos com maior facilidade
Objetos podem ser frágeis, de grande valor, muito grandes ou muito pequenos para a manipulação física.

Acesso remoto ao alvo de estudo
A segmentação permite a criação de modelos que podem ser compartilhados com diferentes pessoas ao redor do mundo. Além disso, permite o trabalho sem a necessidade de deslocamentos constantes.

Impressão 3D
Os modelos criados pela Segmentação de Imagem podem ser impressos e manipulados fisicamente, ou utilizados para fins didáticos (como exposições, aulas e congressos).

O Departamento de Ciências da Terra da Universidade Nova de Lisboa presta serviços de segmentação de fósseis para estudos de paleontologia.

quinta-feira, abril 23, 2015

Impressão 3D

Com o advento da tecnologia 3D, que inclui a digitalização com fotogrametria e impressão a três dimensões, a paleontologia pode dar grandes passos. Acabei de imprimir a estátua de Charles Darwin:

Estátua de Charles Darwin no Museu de História Natural de Inglaterra (foto: OM).

Modelo STL com base na digitalização da estátua de Darwin usando fotografia e fotogrametria (fonte: http://www.thingiverse.com/thing:456236)


Impressora 3D disponível na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa (Foto: OM)

Impressão 3D em tamanho reduzido (6 cm) da estatueta de Charles Darwin  (Foto: OM)

terça-feira, novembro 25, 2008

As cabeças cheia de ar

Irra, que só deves ter vento na cabeça!
A expressão não podia vir mais a calhar já que dois professores de anatomia da Universidade do Ohio (EUA) publicaram este mês mais um trabalho sobre a os seios paranasais de dinossauros. O estudo "The paranasal air of predatory and armored dinosaurs (Archosauria: Theropoda and Ankylosauria) and their contribution to cephalic architecture." foi publicado na revista Anatomical Record por Larry Witmer e Ryan Ridgely e devo confessar que é do melhor que a paleontologia de dinossauros tem feito nos últimos anos. [Para um europeu como é estranho que os americanos ponham paleontólogos a ensinar anatomia humana aos seus futuros médicos.] E se há uma coisa que estes senhores não têm na cabeça é: ar.

Bom, para dizer a verdade até têm, todos temos! Reparem na figura abaixo e vejam quantidade de ar que a nossa cabeça contem. O azul escuro representa o nosso cérebro, todas as outras cores são preenchidas por ar.



























No que diz respeito aos dinossauros, esses, tinham necessidades realmente ciclópicas e para poderem perder algum do peso da cabeça (cerca de 8% para ser mais específico) acabaram por desenvolver (como eu detesto este verbo aqui) cavidades pneumáticas muito maiores que as nossas. Esses espaços preenchidos por ar são uma solução económica que certos animais, no decurso da sua história evolutiva, acabaram por explorar. A razão é simples, conseguimos aumentar o tamanho atenuando o aumento proporcional do peso sem comprometer a resistência. Experimentem abrir uma placa de cartão e vêm o que quero dizer, já que, o cartão canelado não é mais do que papel e ar! Se o ar existente no interior dessas mesmas placas fosse preenchido por papel teríamos algo mais parecido a madeira que a cartão, claro que seria resistente mas o peso seria muito superior. Muitas vezes é preferível perder 5% da resistência para podermos livrar-nos de 80% do peso.


Claro que para quem tinha uma cabeça que pesava 515 kg qualquer emagrecimento é bem vindo, não dá jeito nenhum ser tão cabeçudo.
No caso dos dinossauros, era extremamente "inteligente" ter a cabeça cheia de ar.




A Evolução é um processo fascinante e muitas outras utilidades poderiam ser extraídas destas cavidades: ressonância para vocalizações e consequente comunicação entre os animais, ou mesmo a amplificação de sons mais difíceis de ouvir, ou até mesmo a termorregulação através do ar respirado... Tudo isto pode ser estudado com o recurso a técnicas de Tomografia Computorizada e de processamento dos dados em software de manipulação 3D. O resultado final são crânios virtuais mais parecidos a esculturas pré-colombianas do que a fósseis do Mesozóico.
Um mundo está ainda por explorar para quem pensava que ter a cabeça cheia de ar não tinha interesse nenhum.




Publicado simultaneamente no Conjurado

domingo, outubro 05, 2008

Dinossauros falsos e "Frankenstein"

Sim, é verdade, até os dinossauros e outros fósseis são falsificados!


O crescente aumento do comércio de fósseis (com os leilões a venderem dinossauros a preços astronómicos), a raridade dos fósseis e pobreza económica associada a algumas áreas fossilíferas só podia dar num resultado: a falsificação de fósseis.

Em muitas lojas e feiras do país vemos crânios de mosassauros, ovos de dinossauros, trilobites e tantos outros fósseis de integridade duvidosa. Nalguns locais de venda, a falsificação atinge os 10 a 20% dos crânios expostos. Estas fraudes são muitas vezes compostas de ossos verdadeiros mas agrupados artificialmente para simular um crânio ou um esqueleto completo, a jeito do monstro de Frankenstein, no qual um só indivíduo era composto com partes de vários homens. As falsificações mais problemáticas são montagens artificiais de fósseis verdadeiros o que torna a detecção da fraude mais difícil.

Os artesãos que fazem estas fraudes, muitos deles de Marrocos e da China, são frequentemente de tal forma exímios que a falsificação engana os conhecedores e profissionais. O caso recente mais famoso é o do Microraptor publicado na revista Nature com cobertura e financiamento da National Geographic. Pensava-se que era um estádio evolutivo intermédio entre os dinossauros terópodes e as aves… pudera!… o esqueleto era composto pela junção de várias espécies.

Um meu novo artigo publicado no Journal of Paleontological Techniques (disponível em PDF) sugere várias técnicas na detecção destes embustes: exame visual pormenorizado e crítico, análise química, raios X e tomografia computorizada e observação sob luz ultravioleta.


A, Fotografia (à esquerda) e raios X (à direita) de um falso crânio de dinossauro Psittacosaurus. Os raios X mostram a pedra (a cinzento) que forma o núcleo no qual foram colados ossos de dinossauro para simular um crânio. B, Um fémur e C, um sacro e cintura pélvica, constituídos por partes de diferrentes ossos.


Referência:
Mateus, O., Overbeeke, M., Rita, F., 2008. Dinosaur Frauds, Hoaxes and "Frankensteins": How to distinguish fake and genuine vertebrate fossils, Journal of Paleontological Techniques, 2: 1-5.


sexta-feira, maio 02, 2008

Paleontologia avant garde


Hoje em dia existem tecnologias de ponta que estão ao dispor da ciência pura e, cada vez mais, revelando-se nas formas mais inesperadas. Hoje em dia a paleontologia de vertebrados não se resume à descrição anatómica é, pelo contrário, um domínio científico dinâmico e que resulta de vários híbridos com outras ciências aplicadas.

Análise de Elementos Finitos

A análise de elementos finitos é um conjunto de ferramentas matemáticas que inicialmente, na década de 1960, se remetia à resolução de problemas de engenharia mecânica. Apesar do nome esotérico o princípio é simples: dividir um corpo em diversos elementos discretos (i.e. bem indiviualizados). E para que servirá isso? Como foi dito, esta ferramenta, servia inicialmente para a análise de problemas de engenharia mecânica... o que implica forças, tensões e extensões e outros conceitos do género. Num corpo com uma forma complexa é difícil calcular os efeitos de uma força em todos os seus pontos. Por isso, alguém teve a ideia brilhante de não considerar um só corpo complexo e como a força nele se faria sentir em todos os pontos, mas sim muitos corpos simples e ver como a força provocada pelo corpo vizinho lhe afecta. Isto simplificava muito o trabalho dos computadores nos anos 1960... Entretanto as ferramentas informáticas foram-se desenvolvendo - ao ritmo que todos nós sabemos - e em vez de roldanas e engrenagens começou a poder ser processada informação em corpos cada vez mais intrincados. Emily Rayfield, agora na Universidade de Bristol, decidiu usar estas ferramentas não para rodas dentadas e veios hidráulicos, mas sim para fósseis... Para fósseis?? Sim, ao fim e ao cabo um crânio ou uma tíbia também é um corpo, decomonível em muitos outros pequenos corpos simples... E para que quereria ela fazer isso? Rayfield dedicou-se a um ramo chamado: morfologia funcional, ou por outras palavras, a partir de um estrutura inferir uma função. Estrutura: um crânio e uma mandíbula; função: mastigação, por exemplo. Os fémures e as tíbias substituiram assim os veios hidráulicos no software de elementos finitos. Somente em 1998, sai a primeira publicação de uma aplicação da análise em elementos finitos na paleontologia... e logo na revista Nature. É que estas ferramentas têm um enorme potencial, sendo efectivas para rever o decurso da evolução. Melhores estruturas - o côndilo de um osso, por exemplo - tenderão, por força da selecção natural, a ser seleccionadas... Hoje em dia este é, a meu ver, um dos campos mais promissores da paleontologia de vertebrados e da evolução no geral.

Tomografia axial computorizada (TAC)

Bolas... como é que eu consigo ver a estrutura interna do ouvido de um Tyrannosaurus sem ter de o partir? Aha, solução: façamos-lhe um TAC... Na verdade, por uma questão de coerência não se diz "Axial" a não ser que a tomografia seja feita ao longo de um eixo. É tempo de os radiologistas se confundirem com paleontólogos. Aqui, aliás como em todas as grandes ideias, o princípio é simples: o mesmo das radiografias, mas várias (muitas) e a 2D. As tomografias computorizadas também fazem uso dos raios-X. É emitida radiação X e esta atravessa ou não um dado corpo. Aos materiais cuja radiação os atravessa são designados radiotransparentes, o contrário radiopacos. Mas como estava a dizer, são feitas várias radiografias ao longo de um corpo... é como se este estivesse a ser fatiado. Hoje em dia, estes aparelhos permitem resoluções impressionantes, com distâncias entre as "fatias" na ordem das centésimas de milímetro.
Um dos exemplos que considero mais espetaculares de uso destas tecnologias é o de uma tomografia de um ovo contento embriões de um dinossauro ceratopsídeo. Conseguiu-se desta forma apurar ao nível do género a taxonomia dos ossos de embrião sem ter de remover um miligrama de matriz. Outra das aplicações mais bem sucedidas na paleontologia são as chamadas endocasts, ou endoréplicas, há falta de melhor termo em português. Não é mais do que uma réplica do interior de um crânio ou do ouvido interno - áreas geralmente inacessíveis. Paul Sereno na sua publicação sobre o Nigerasaurus usa resultados das tomografias para extrapolar a posição habitual de vários saurópodes, com base na orientação dos de alguns componentes do ouvido interno, intrinsecamente relacionados com o equilíbrio. Ver www.digimorph.org.
Outro exemplo quase aterrorizador da utilização de raios-X é o usado no European Synchrotron Radiation Facility em Grenoble, França, permitindo visualizar pequenos insectos através de âmbar opaco.

SEM - Scanning Electron Microscope

Na paleontologia talvez seja a tecnologia, das já citadas, a mais antiga. Em português: microscopia electrónica de varrimento. Tem sido usada intensivamente na determinação da microstrutura de cascas de ovo fóssil, mas também para a micropaleontologia no geral. Desde foraminíferos a dinoflagelados já todos foram sondados pelos coscuvilheiros electrões destes microscópios.


Filogenia

A filogenia por si não é uma ferrementa recente, Hennig desde a década de 1950 havia esboçado os seus princípios basilares, fazendo tabelas de zeros e uns para insectos coleópetros. Curiosamente só muito mais tarde, cerca do fim da década de 1980 ou ínicio da década de 1990, é que a filogenia e cladismo se assumiram como metodologias não só práticas, mas acima de tudo verdadeiras, que demonstravam que a evolução se rege, em grande medida, pelo "princípio da parsimónia". Mas bom, não é disso que pretendo falar. Actualmente, a filogenia é o resultado híbrido entre um programador informático e um biólogo. Rieppel, Goloboff, Farris são apenas alguns nomes que estruturam o pensamento e, necessariamente, as ferramentas informáticas que hoje são utilizadas trivialmente. Ver www.cladistics.com e corre uma matriz, logo de seguida.


Isótopos estáveis

Enquanto hoje muito se fala nos isótopos radioactivos (não-estáveis, portanto) alguém decidiu procurar os que, por seu turno, mantém as proporções relativamente constantes ao longo do tempo. O tipo de raciocínio que está por detrás desta técnica é mais ou menos o seguinte:
(1) alguns isótopos mantém-se contantes (i.e. não se decompõe noutros elementos), como o O16, independentemente da altura em que foram 'aprisionados' (e.g. na estrutura de uma rocha, ou num organismo). Por outras palavras, a quantidade de O16 que existia numa dada amostra no Cretácico, manteve-se constante até aos nossos dias;
(2) as proporções entre alguns isótopos (e.g. O18/O16) reflecte, por vezes, determinadas circunstâncias na Terra (e.g. ambiente marinho vs. ambiente terrestre);
(3) os seres vivos conseguem - através da alimentação, por exemplo - incorporar na sua estrutura estas proporções isotópicas.
Com base nestas assumpções desencadeiam-se cascatas de raciocínos (ou melhor, cascatas de outras assumpções, que por sua vez se desdobram em tantas outras), que permitem chegar a resultados muito curiosos. Um exemplo interessante é o descortinar as cadeias tróficas entre organismos. Está suficientemente bem demosntrado que quanto 'mais alto' na cadeia trófica se está, maior o rácio O18/O16; ou ainda mais alta a concentração de O18 em relação ao isótopo de oxigénio mais leve O16 (por ser progressivamente excrecionado na 'ascenção' da cadeia trófica). Fizeram-se experiências muito surpreendentes com seres humanos que demonstram precisamente estes resultados. Assim, o que é expectável para um vegetariano? E para um indivíduo totalmente carnívoro? Pois é, as assinaturas isotópicas revelam bastante bem o padrão acima descrito: quanto mais vegetariana a nossa dieta, mais baixo os valores do rácio O18/O16. Agora, porque não aplicar as mesmas metodologias mas para animais já extintos? As coisas complicam-se (e de que maneira...), porque as proporções isotópicas do indivíduo acabam por se confundir - devido à diagénese - com as características da rocha onde este se encontra envolvido. Este também é um ramo da paleontologia de vertebrados que está em franca expansão e que ainda é verdadeiramente embrionário... Mais um híbrido entre um paleontólogo e um geoquímico.

quinta-feira, outubro 25, 2007

O uso da Tomografia Computorizada na Paleontologia

Recentemente perguntaram-me:

"Como é que conseguem usar aparelhos actuais para fazer TAC's a fósseis? Como é que, com essas tecnologias conseguem reconstituir o passado?" (Ana Meirinho)

A TAC (Tomografia Axial Computorizada) é um método de raios X tridimensional que permite observar o interior de um dado objecto ou corpo. Tem sido desenvolvido e vulgarizado sobretudo para fins médicos, na detecção e diagnose de inúmeras doenças. A aplicação também se estende à paleontologia e outras ciências quando se procura conhecer o interior de um fóssil ou outro objecto. Nesse caso designa-se apenas Tomografia Computorizada (TC) pois o epíteto “axial” refere-se ao áxis, ou eixo, do corpo humano, o que nem sempre se aplica num fóssil. Na paleontologia o processo é o método é semelhante ao usado em TAC em seres humanos para fins médicos, com a diferença do ajuste para densidade e detalhe necessária nos fósseis. A TC é a forma mais prática e não destrutiva, de mostrar o interior dos crânios, vértebras, ovos e de outros fósseis, o que contribuiu para uma melhor compreensão dos mesmos.